SPM을 사용하여 뇌영상 preprocessing하기 [6]Smoothing

마지막 과정인 Smoothing을 알아보자. Smoothing은 한 voxel의 값을  이웃 복셀의 값을 평균하여 보정하는 절차이다. SNR(신호 대 잡음 비율)을 높이기 위해 사용하는데, 일반적으로 Gaussian Full Width Half Maximum(FWHM) 필터를 사용해 진행한다.

 

Smooth를 클릭하면 batch editor가 열린다.

smooth를 클릭하면 나오는 batch editor

Images to smooth에 우리가 normalise까지 진행한 war~파일 351개를 선택하면 된다.

이번에도 필터를 이용해 war~이름 파일만 뽑아서 select all.

옵션의 FWHM의 [8 8 8]은 쉽게 말해 smooth 필터의 세기인데, 요즘은 8mm로 잘 안 한다고 한다. 나중에 실제로 내가 얻은 데이터를 처리할 때에는 수정이 필요할 것 같다. 어쨌든 이번 연습에서는 건드리지 말고 [8 8 8]을 그대로 쓰자.

 

그리고 이 batch를 smooth라는 이름으로 jobs에 저장 후 실행시킨다.

 

완료되고 나면 wars~파일 앞에 s가 덧붙은 swars~파일이 351개 생성된다. 이제 이 파일들은 모든 preprocessing을 다 거친 이미지파일들인 것이다.

smooth된 이미지. 너무 blur한거 아닌가...?

여기까지 해서 모든 전처리 과정이 끝났다. 다음번에는 이 데이터를 가지고 개인의 뇌 정보를 statistical analysis하여 design matrix를 만들어보도록 해야겠다.