SPM을 사용하여 뇌영상 preprocessing하기 [4]Segment

다음은 뇌 이미지 정보를 백질(White mattter), 회백질(Grey matter), CSF 세 가지로 분리하는 segment를 진행해본다.

Segment를 클릭하면 batch editor가 뜬다.

Segment를 누르면 나오는 batch editor

우선 volume에 structural image인 sM03953_0007 파일을 넣는다. 그 후 메뉴얼에 따라 save bias corrected 항목의 save nothing을 save bias corrected로 바꾸고, 맨 아래 있는 Deformation fields의 옵션을 Forward로 바꾼 후, segment라는 이름으로 batch를 jobs에 저장 후 실행시킨다. 이 과정을 실행시켰을 때 완료되기까지 시간이 꽤나 걸렸다.

 

이 Segment가 완료되면 기존에 있던 Structural폴더에 c1~,c2~...c5~이름이 붙은 파일과 y_sM~ 파일이 생겼을 것이다. c로 시작하는 파일들은 앞에서 말했듯이 백질,회백질,CSF로 분리되어 저장된 파일들이고(근데 왜 c5까지 있지...?), y_sM~은 Deformation fields를 씌운 파일이라고 한다. 일단 이 파일들이 만들어졌으니 segment도 성공적으로 끝났다.

 

Display기능을 이용하여 각 c1,c2,c3,c4,c5이미지를 확인한 결과는 아래와 같았다.

c1. 백질(White matter)

c2. 회백질(Grey matter)

c3. CSF

c4. 두개골...?

c5. 기타조직(아마도)ㅎㅎ

다음과정인 normalization으로 넘어가자.