SPM을 사용하여 뇌영상 preprocessing하기 [2]Slice timing

fMRI를 찍을 때, 한 번에 모든 뇌 부분을 다 찍는 것이 아니다. 한 층(slice)찍 찍기 때문에, 전체적으로 본다면 각 층을 찍는데 시간이 걸린 만큼 정보의 차이가 나게 된다. 이를 보정하는 것이 slice timing이다.

 

spm 초록 창의 slice timing을 클릭하면 batch editor가 나온다. Realignment 때와는 다르게 다 X로 텅텅 비어있다. 메뉴얼을 보며 하나하나 값을 채운다.

slice timing을 누르면 나오는 batch editor.

 

메뉴얼에 나와있는 정보. 정말 친절하게도 이대로만 입력하면 된다.

여기에 넣을 데이터는 앞의 realign된 이미지인 rsM~이름을 가진 351개의 데이터이다. TR(repetition time: 개별 volume 획득시간)이 2초이고, 24개의 층(slice)을 가진 데이터인가보다. Reference slice는 기준이 되는 slice인데, 보통 전체 층의 중간값을 사용한다고 해서 이번에는 12가 되는 것 같다.

이제 이 batch를 slice_timing으로 jobs 폴더에 저장하고, 실행시키자.

Realign보다 빨리 완료되는데, 완료되면 RawEPI폴더에 기존에 있던 rsM 앞에 a가 덧붙여진 arsM~이름의 파일들이 351개 생긴다. 확인되었다면 slice timing도 잘 완료한 것이다. 다음 과정으로 넘어가도록 하자.