SPM을 사용하여 뇌영상 preprocessing하기 [0]Overview

fMRI를 통해 얻은 사람의 뇌 정보는 아쉽게도 바로 사용할 수 없다. 이 raw data를 유의미한 데이터로 만들어 사용하기 위해서는 전처리 과정을 거쳐야 한다. 마치 귤을 먹기 전에 껍질을 까듯 말이다. 이 과정을 pre-processing이라고 한다. 이러한 preprocessing 과정에 사용되는 툴 중 대표적인 하나의 툴이 바로 SPM(Statistical Parametric Mapping)이다. 이번 주에는 매트랩 기반 툴인 SPM을 이용하여 데이터를 처리하는 법을 알아보았다.

 

우선 spm을 깔아야 한다. 공식 홈페이지에서 깔 수 있는데, 내가 시도했을 때는 알수 없는 오류로 인해 홈페이지에 들어갈 수가 없어서 그냥 깃허브에서 받았다. 현재 2020.07월 기준 최신 버전인 spm12를 다운로드하도록 하자.

spm을 받은 후에는 적당히 C드라이브에 넣어놓는다.

 

spm도 다 받았고, 이제 문제는 내가 preprocessing을 연습할 만한 raw data가 없다는 것이다. 다행히 홈페이지에서 data를 찾을 수 있었다. 

SPM 공식홈페이지. Data sets에 가면 연습할 때 쓸 수 있는 자료들이 있다.

이번에는 이 데이터를 사용해 spm을 돌려보도록 했다.

클릭하여 들어가면 이렇게 파일이 보인다. face_rep.zip을 다운받고, 나는 SPM12를 사용하고 있으므로 spm12 메뉴얼을 열었다.

메뉴얼을 켜면 딱 이 장면이 나온다. 508페이지나 되는 메뉴얼이지만 이번에 쓸 페이지는 10페이지 남짓.

face_rep을 받았다면 압축을 풀고 spm12폴더에 넣었다.

본격적으로 시작하기 위해 매트랩을 켜고 spm을 실행시켰다.

addpath기능으로 spm이 들어있는 폴더를 추가해야 spm을 실행시킬 수 있다.

spm을 실행시키면 로딩 후 이 세 개의 창이 뜬다.

드디어 실행되었다 spm12.

이제 본격적으로 raw data를 우리가 유의미한 데이터로 사용할 수 있게 전처리 과정을 거칠 것이다.

SPM에서 전처리 과정에 대한 내용은 다음글부터 알아보자.